Vila misterija (italijanski: Villa dei Misteri) je naziv za ostatke rimske vile smještene oko 800 m jugozapadno od ostataka grada drevnog rimskog grada Pompeji.
Isto kao i grad, vila je bila pogođena erupcijom Vezuva godine 79. te zatrpana kamenjem i pepelom. Usprkos toga, u katastrofi je pretrpila samo manja oštećenja, tako da su njeni zidovi, najveći dio plafona te, što je posebno važno, freske ostale očuvane sve do otkopavanja u 18. vijeku. Freske prikazuju neobični obred, za koga historičari vjeruju da je predstavljao bahanalije, odnosno misterijsku inicijaciju žene u kult boga Dioniza (Bakha).
Tko je bio vlasnik vile se ne zna. U samoj vili i njenoj neposrednoj okolici je pronađen veliki broj posmrtnih ostataka žrtava erupcije.
