Špilja Vindija je špilja u blizini Varaždina u kojoj su živjeli neandertalci, prije oko 30.000 godina.
U špilji su 1974. godine pronađeni jedni od najboljih ostataka neandertalaca na svijetu. Zbog toga su odabrani da budu glavni izvor DNA za tzv. "Neandertalski projekt genoma" ().