Aldabra se sastoji iz četiri otoka u pravcu kazaljke na satu: Picard ili Zapadni otok (9,4 km²), Polymnie (4,75 km²), Malabar ili Srednji otok (26,8 km²) i Grand Terre (južni otok, 116,1 km²). Prostire se 34 km u dužinu i 14,5 km u širinu, a unutarnja laguna ima površinu od 224 km².
Atol je rezervat prirode pod strogim režimom zaštite jer posjeduje jedinstvenu floru i faunu (kao što je Aldabraska divovska kornjača, Aldabrachelys gigantea) i najvažnije je mjesto gdje Golema želva polaže jaja na svijetu. Zbog toga je još 1982. godine upisan na UNESCO-v popis mjesta svjetske baštine u Africi i zaštićen Ramsarskom konvencijom.
Nenaseljen je i iznimno izoliran, te na njemu privremeno obitavaju ribolovci tijekom lova i nekolicina znanstvenika koji se brinu o zaštiti njegovog ekosustava. No, postoji mogućnost izleta na atol za turiste brodom uz strogu pratnju čuvara rezervata.